Karbol-Fuchsin-Lösung nach Ziehl-NeelsenDas Färbe-Prinzip beruht darauf, dass bei speziell diesen Bakterien in der Zellwand besondere Lipide (Wachse, Mykolsäuren) enthalten sind, die bei üblichen anderen Färbeverfahren verhindern, dass die Bakterien gefärbt werden, indem sie das Eindringen des hydrophilen Farbstoffs verhindern. Bei der Ziehl-Neelsen-Färbung wird mit Karbolfuchsin (Phenolfuchsin) in der Hitze gefärbt, so dass einerseits der Farbstoff trotz der Lipidhülle eindringt, andererseits aber der Farbstoff mit üblichen Entfärbemethoden bei normaler Temperatur nur schwer wieder aus den Bakterien zu extrahieren ist. Danach werden die nicht „säurefesten“ Objekte mit Salzsäure oder einem Gemisch aus Alkohol und Salzsäure bei normaler Temperatur wieder entfärbt. Nur die „säurefesten“ Bakterien behalten bei dieser Behandlung den Farbstoff und bleiben deshalb rot gefärbt, alle anderen Bakterien verlieren den Farbstoff wieder

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